Bioinformatiker

Science for Life Laboratory (SciLifeLab, www.scilifelab.se) grundades 2010 som en gemensam satsning mellan fyra universitet: Karolinska Institutet (KI), Kungliga Tekniska Högskolan (KTH), Stockholms universitet (SU) och Uppsala universitet (UU). SciLifeLab utgör en unik miljö och är idag ett internationellt ledande forskningscentrum. Forskare och ingenjörer vid SciLifeLab utvecklar, använder och erbjuder avancerade tekniker för att skapa ökad förståelse av livsviktiga processer på molekylär nivå med fokus på hälsa och miljö. SciLifeLabs nationella infrastruktur stöder forskningsverksamhet vid alla svenska universitet samt inom hälso- och sjukvård och industri.

Bioinformatik och systembiologi är viktiga aktiviteter inom SciLifeLab, och en betydande del av SciLifeLabs personal arbetar inom dessa områden. The National Genomics Infrastructure, NGI, är den största tekniska plattformen vid SciLifeLab. Det är en nationell resurs som erbjuder en infrastruktur för state-of-the-art DNA-sekvensering och SNP-genotypning till forskare i Sverige. Målsättning är att ge tillgång till de senaste metoderna inom storskalig DNA- och RNA-sekvensering och ge riktlinjer och stöd för provtagning, studiedesign, protokollval och bioinformatikanalys för att möjliggöra världsledande forskning.

Arbetsuppgifter
Vi letar efter en bioinformatiker för att gå med i vårt utvecklingsteam vid NGI, en av Europas största sekvenseringsanläggningar, på SciLifeLab i Solna. Den utvalda kandidaten får en varierad roll och kommer att vara delaktig i många typer av uppgifter. Arbetsuppgifterna inkluderar bland annat att:

• Arbeta i samarbetsprojekt med användare.
• Analysera data från interna utvecklingsprojekt.
• Arbeta med systemutveckling och produktionssättning av HPC-miljöer.
• Utveckla nya analysflöden som en del av nf-core (se https://nf-co.re/).
• Programvaruutveckling, till exempel för kvalitetskontroll (t.ex. MultiQC).
• Automation av data / analysflöde.

De exakta arbetsuppgifterna kommer att bero på den sökandes erfarenhet och intressen. Vi är en nyfiken och flexibel grupp där målet är att alla ska få jobba med det de är mest intresserade av.

Kvalifikationer
Krav

• Programmeringskunskaper, främst i Python, alt. R, Perl, Java eller C / C ++
• Grundläggande kunskap inom versionskontroll, t.ex. git.
• Erfarenhet av att använda Linux / UNIX.
• Utmärkt kommunikations- och samarbetsförmåga.
• Du talar och skriver engelska obehindrat.

Meriterande

• Erfarenhet av HPC eller motsvarande datorsystem.
• Erfarenhet av att arbeta med molnbaserade system (t.ex. AWS).
• Erfarenhet i bioinformatik eller motsvarande kompetens.
• Erfarenhet av att hantera stora datamängder, särskilt nästa generations sekvenseringsdata (NGS).
• Erfarenhet av webbapplikationsutveckling.
• Erfarenhet av att jobba med ett LIMS system, speciellt Illumina BaseSpace Clarity LIMS.
• Erfarenhet av att programmera pipetteringsrobotar.

Personliga egenskaper

För att lyckas och trivas i den här rollen så tror vi att du är en självgående problemlösare, med ett strukturerat och kvalitetsmedvetet arbetssätt. Du har god kommunikationsförmåga i både tal och skrift. Det är också viktigt med en bra samarbetsförmåga.

Vi kommer lägga stor vikt vid personliga egenskaper.

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller tills vidare med sex månaders provanställning. Stockholms universitet tillämpar individuell lönesättning, ange därför gärna löneanspråk. Tillträde snarast.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Närmare information om anställningen lämnas av, Anja Mezger, anja.mezger@scilifelab.se (Facilitetschef, NGI Applications Development) eller Johannes Alneberg (Gruppledare för Bioinformatik, NGI Applications Development), johannes.alneberg@scilifelab.se.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se (SEKO).